package test.dr.inference.trace;
import dr.evolution.alignment.SimpleAlignment;
import dr.evolution.coalescent.CoalescentSimulator;
import dr.evolution.coalescent.ConstantPopulation;
import dr.evolution.datatype.DataType;
import dr.evolution.io.NewickImporter;
import dr.evolution.sequence.Sequence;
import dr.evolution.tree.Tree;
import dr.evolution.tree.SimpleNode;
import dr.evolution.tree.SimpleTree;
import dr.evolution.util.Date;
import dr.evolution.util.Taxon;
import dr.evolution.util.Units;
import dr.evomodel.coalescent.ConstantPopulationModel;
import dr.evomodel.tree.TreeModel;
import dr.evomodelxml.tree.TreeModelParser;
import dr.inference.model.Parameter;
import dr.inference.trace.TraceCorrelation;
import test.dr.math.MathTestCase;
/**
* @author Alexei Drummond
*/
public class TraceCorrelationAssert extends MathTestCase {
protected static final String TREE_HEIGHT = TreeModel.TREE_MODEL + "." + TreeModelParser.ROOT_HEIGHT;
protected TreeModel treeModel;
protected SimpleAlignment alignment;
protected Taxon[] taxa;
public TraceCorrelationAssert(String name) {
super(name);
}
protected void createAlignment(Object[][] taxa_sequence, DataType dataType) {
alignment = new SimpleAlignment();
alignment.setDataType(dataType);
// alignment.setDataType(Nucleotides.INSTANCE);
taxa = new Taxon[taxa_sequence[0].length]; // 6, 17
System.out.println("Taxon len = " + taxa_sequence[0].length);
System.out.println("Alignment len = " + taxa_sequence[1].length);
if (taxa_sequence.length > 2) System.out.println("Date len = " + taxa_sequence[2].length);
for (int i=0; i < taxa_sequence[0].length; i++) {
taxa[i] = new Taxon(taxa_sequence[0][i].toString());
if (taxa_sequence.length > 2) {
Date date = new Date((Double) taxa_sequence[2][i], Units.Type.YEARS, (Boolean) taxa_sequence[3][0]);
taxa[i].setDate(date);
}
//taxonList.addTaxon(taxon);
Sequence sequence = new Sequence(taxa_sequence[1][i].toString());
sequence.setTaxon(taxa[i]);
sequence.setDataType(dataType);
alignment.addSequence(sequence);
}
}
protected void createRandomInitialTree(double popSize) throws Exception {
ConstantPopulation constant = new ConstantPopulation(Units.Type.YEARS);
constant.setN0(popSize); // popSize
createTreeModel(constant);
}
protected ConstantPopulationModel createRandomInitialTree(Parameter popSize) {
ConstantPopulationModel startingTree = new ConstantPopulationModel(popSize, Units.Type.YEARS);
ConstantPopulation constant = (ConstantPopulation) startingTree.getDemographicFunction();
createTreeModel(constant);
return startingTree;
}
private void createTreeModel (ConstantPopulation constant) {
CoalescentSimulator simulator = new CoalescentSimulator();
Tree tree = simulator.simulateTree(alignment, constant);
treeModel = new TreeModel(tree);//treeModel
}
protected void createSpecifiedTree(String t) throws Exception {
// Tree.Utils.newick(tree)
//create tree
NewickImporter importer = new NewickImporter(t);
Tree tree = importer.importTree(null);
treeModel = new TreeModel(tree);//treeModel
}
/**
* Asserts that the given trace correlation stats are not significantly different to
* provided expectation value
*
* @param name the name of the statistic
* @param stats the summary of the MCMC trace of the statistic
* @param v the expected value for the statistic
*/
protected void assertExpectation(String name, TraceCorrelation stats, double v) {
double mean = stats.getMean();
double stderr = stats.getStdErrorOfMean();
double upper = mean + 2 * stderr;
double lower = mean - 2 * stderr;
assertTrue("Expected " + name + " is " + v + " but got " + mean + " +/- " + stderr,
upper > v && lower < v);
}
//************************** data ****************************
protected TreeModel createPrimateTreeModel () {
SimpleNode[] nodes = new SimpleNode[10];
for (int n=0; n < 10; n++) {
nodes[n] = new SimpleNode();
}
// nodes[0].setHeight(0);
nodes[0].setTaxon(taxa[0]); // human
nodes[1].setTaxon(taxa[1]); // chimp
nodes[2].setTaxon(taxa[2]); // bonobo
nodes[3].setHeight(0.010772);
nodes[3].addChild(nodes[1]);
nodes[3].addChild(nodes[2]);
nodes[4].setHeight(0.024003);
nodes[4].addChild(nodes[0]);
nodes[4].addChild(nodes[3]);
nodes[5].setTaxon(taxa[3]); // gorilla
nodes[6].setHeight(0.036038);
nodes[6].addChild(nodes[4]);
nodes[6].addChild(nodes[5]);
nodes[7].setTaxon(taxa[4]); // orangutan
nodes[8].setHeight(0.069125);
nodes[8].addChild(nodes[6]);
nodes[8].addChild(nodes[7]);
nodes[9].setTaxon(taxa[5]); // siamang
SimpleNode root = new SimpleNode();
root.setHeight(0.099582);
root.addChild(nodes[8]);
root.addChild(nodes[9]);
Tree tree = new SimpleTree(root);
tree.setUnits(Units.Type.YEARS);
return new TreeModel(tree); //treeModel
}
protected static final String[][] PRIMATES_TAXON_SEQUENCE = {{"human", "chimp", "bonobo", "gorilla", "orangutan", "siamang"},
{"AGAAATATGTCTGATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGCTTAAACCCCCTTATTTCTACTAGGACTATGAGAATCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTATCACACCCCATCCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAAGAAATTTAGGTTAAATACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGTAAGTTG-CAATACTTAATTTCTGTAAGGACTGCAAAACCCCACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTCTAGACCAATGGGACTTAAACCCACAAACACTTAGTTAACAGCTAAGCACCCTAATCAAC-TGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGG-TTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGAAAA-TCACCTCGGAGCTTGGTAAAAAGAGGCCTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCTTCA-CTCAGCCATTTTACCACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCCCCAAAGCTGGTTTCAAGCCAACCCCATGGCCTCCATGACTTTTTCAAAAGGTATTAGAAAAACCATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATTATAGGCT-AAATCCTATATATCTTA-CACTGTAAAGCTAACTTAGCATTAACCTTTTAAGTTAAAGATTAAGAGAACCAACACCTCTTTACAGTGA",
"AGAAATATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGTTCAAATCCCCTTATTTCTACTAGGACTATAAGAATCGAACTCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTATCACACCCCATCCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTACACCCTTCCCGTACTAAGAAATTTAGGTTAAGCACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGCAAGTTA-CAATACTTAATTTCTGTAAGGACTGCAAAACCCCACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTCTAGATTAATGGGACTTAAACCCACAAACATTTAGTTAACAGCTAAACACCCTAATCAAC-TGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGG-TTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGAAAA-TCACCTCAGAGCTTGGTAAAAAGAGGCTTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCTTCA-CTCAGCCATTTTACCACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTAAAGCTGGTTTCAAGCCAACCCCATGACCTCCATGACTTTTTCAAAAGATATTAGAAAAACTATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATTACAGGTT-AACCCCCGTATATCTTA-CACTGTAAAGCTAACCTAGCATTAACCTTTTAAGTTAAAGATTAAGAGGACCGACACCTCTTTACAGTGA",
"AGAAATATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGTTTAAATCCCCTTATTTCTACTAGGACTATGAGAGTCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTATCACACCCCATCCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAAGAAATTTAGGTTAAACACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCTCTCAGTAAGTTA-CAATACTTAATTTCTGTAAGGACTGCAAAACCCCACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTCTAGATTAATGGGACTTAAACCCACAAACATTTAGTTAACAGCTAAACACCCTAATCAGC-TGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGG-TTTGAAGCTGCTTCTTTGAATTTGCAATTCAATATGAAAA-TCACCTCAGAGCTTGGTAAAAAGAGGCTTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCTTCA-CTCAGCCATTTTACCACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTAAAGCTGGTTTCAAGCCAACCCCATGACCCCCATGACTTTTTCAAAAGATATTAGAAAAACTATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATTACAGGTT-AAACCCCGTATATCTTA-CACTGTAAAGCTAACCTAGCATTAACCTTTTAAGTTAAAGATTAAGAGGACCAACACCTCTTTACAGTGA",
"AGAAATATGTCTGATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGAGGTTTAAACCCCCTTATTTCTACTAGGACTATGAGAATTGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTGTCACACCCCATCCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTCACATCCTTCCCGTACTAAGAAATTTAGGTTAAACATAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTTAGTAAGTTA-CAACACTTAATTTCTGTAAGGACTGCAAAACCCTACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTCTAGATCAATGGGACTCAAACCCACAAACATTTAGTTAACAGCTAAACACCCTAGTCAAC-TGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGG-TTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGAAAT-TCACCTCGGAGCTTGGTAAAAAGAGGCCCAGCCTCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCCTTA-CTCAGCCATTTTACCACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCCCCAAAGCTGGTTTCAAGCCAACCCCATGACCTTCATGACTTTTTCAAAAGATATTAGAAAAACTATTTCATAACTTTGTCAAGGTTAAATTACGGGTT-AAACCCCGTATATCTTA-CACTGTAAAGCTAACCTAGCGTTAACCTTTTAAGTTAAAGATTAAGAGTATCGGCACCTCTTTGCAGTGA",
"AGAAATATGTCTGACAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAAAAATAGAGGTCTAAATCCCCTTATTTCTACTAGGACTATGGGAATTGAACCCACCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCCATCACACCCCATCCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTACACCCTTCCCGTACTAAGAAATTTAGGTTA--CACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGCAAGTCA-CAGCACTTAATTTCTGTAAGGACTGCAAAACCCCACTTTGCATCAACTGAGCGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTCCTAGACCGATGGGACTTAAACCCACAAACATTTAGTTAACAGCTAAACACCCTAGTCAAT-TGGCTTCAGTCCAAAGCCCCGGCAGGCCTTAAAGCTGCTCCTTCGAATTTGCAATTCAACATGACAA-TCACCTCAGGGCTTGGTAAAAAGAGGTCTGACCCCTGTTCTTAGATTTACAGCCTAATGCCTTAACTCGGCCATTTTACCGCAAAAAAGGAAGGAATCGAACCTCCTAAAGCTGGTTTCAAGCCAACCCCATAACCCCCATGACTTTTTCAAAAGGTACTAGAAAAACCATTTCGTAACTTTGTCAAAGTTAAATTACAGGTC-AGACCCTGTGTATCTTA-CATTGCAAAGCTAACCTAGCATTAACCTTTTAAGTTAAAGACTAAGAGAACCAGCCTCTCTTTGCAATGA",
"AGAAATACGTCTGACGAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAACAGGGGTTTAAATCCCCTTATTTCTACTAGAACCATAGGAGTCGAACCCATCCTTGAGAATCCAAAACTCTCCGTGCCACCCGTCGCACCCTGTTCTAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCATACTAAGAAATTTAGGTTAAACACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGTAAGTTAACAAAACTTAATTTCTGCAAGGGCTGCAAAACCCTACTTTGCATCAACCGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTCTAGATCGATGGGACTTAAACCCATAAAAATTTAGTTAACAGCTAAACACCCTAAACAACCTGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGA-GTTGAAGCTGCTTCTTTGAACTTGCAATTCAACGTGAAAAATCACTTCGGAGCTTGGCAAAAAGAGGTTTCACCTCTGTCCTTAGATTTACAGTCTAATGCTTTA-CTCAGCCACTTTACCACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCTCTAAAACCGGTTTCAAGCCAGCCCCATAACCTTTATGACTTTTTCAAAAGATATTAGAAAAACTATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAATCACAGGTCCAAACCCCGTATATCTTATCACTGTAGAGCTAGACCAGCATTAACCTTTTAAGTTAAAGACTAAGAGAACTACCGCCTCTTTACAGTGA"}};
protected static final Object[][] DENGUE4_TAXON_SEQUENCE = {{"D4Brazi82", "D4ElSal83", "D4ElSal94", "D4Indon76",
"D4Indon77", "D4Mexico84", "D4NewCal81", "D4Philip64", "D4Philip56", "D4Philip84", "D4PRico86", "D4SLanka78",
"D4Tahiti79", "D4Tahiti85", "D4Thai63", "D4Thai78", "D4Thai84"}, // 17
{"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGACCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATGGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAACTGACCAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACTACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTGAAAGAGGAACAGGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGCAATGGCTGTGGCTTGTTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTGGTTGTAACAGTCCACAATGGAGACACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAATCATGGAGTTACAGCCATGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGGTCTGGAATTGACTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTCGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTGCCTCTTCCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTTAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCACATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGTATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTTCAGGAAAGTTTTCAATTGACAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGTAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTAAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGTAACCAACATAGAATTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTTGGAAACAGCGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGATTGTTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTATACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGGTTCTTAGTGTTGTGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGTTCAAGCA",
"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGACCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATGGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAACTGACTAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACTACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTGAAAGAGGAACAGGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGCAATGGCTGTGGCTTGTTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTGGTTGTAACAGTCCACAATGGAGACACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAATCATGGAGTTACAGCCATGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGGTCTGGAATTGACTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTCGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTGCCTCTTCCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTTAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCATATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGTATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTTCAGGAAAGTTTTCAATTGACAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGTAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTAAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGTAACCAACATAGAATTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTTGGAAACAGCGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGACTGTTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTATACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGGTTCTTAGTGTTGTGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGTTCAAGCA",
"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGACCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATAGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAATTGACTAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACTACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTGAAAGAGGAACAGGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGGAATGGCTGTGGCTTGCTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTGGTTGTAACAGTCCACAATGGAGATACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAATCATGGAGTTACAGCCACGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGATCTGGAATTGATTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTCGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTGCCTCTTCCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTCAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCACATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGCATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTTCAGGAAAGTTTTCAATTGATAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGTAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTAAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGTAACCAACATAGAATTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTCGGAAACAGCGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGACTGTTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTACACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGGTTCTTAGTGTTATGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGCTCAAGCA",
"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGATCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATGGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAACTGACTAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACCACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTAAAAGAGGAACAAGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGCAATGGCTGTGGCTTGTTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTGGTTGTAACAGTCCACAATGGAGACACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAATCATGGAGTTACAGCCACGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGGTCTGGAATTGACTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTTGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTACCTCTACCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTTAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCACATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGTATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTCCAGGAAAGTTCTCAATTGACAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGTAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTGAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGCAACCAACATAGAGTTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTTGGAAACAGTGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGACTGCTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTATACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGGTTCCTAGTGTTGTGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGTTCAAGCA",
"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGATCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATGGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAACTGACTAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACCACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTAAAAGAGGAACAAGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGCAATGGCTGTGGCTTGTTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTAGTTGTAACAGTCCACAATGGAGACACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAACCATGGAGTTACAGCCACGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGGTCTGGAATTGACTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTTGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTACCTCTACCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTTAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCACATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGTATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTTCAGGAAAGTTCTCAATTGACAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGCAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTAAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGTAACCAACATAGAATTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTTGGAAACAGTGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGACTGTTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTATACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGCTTCTTAGTGTTGTGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGTTCAAGCA",
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"ATGCGATGCGTAGGAGTAGGAAACAGAGACTTTGTGGAAGGAGTCTCAGGTGGAGCATGGGTCGACCTGGTGCTAGAACATGGAGGATGCGTCACAACCATGGCCCAGGGAAAACCAACCTTGGATTTTGAACTGACTAAGACAACAGCCAAGGAAGTGGCTCTGTTAAGAACCTATTGCATTGAAGCCTCAATATCAAACATAACTACGGCAACAAGATGTCCAACGCAAGGAGAGCCTTATCTGAAAGAGGAACAGGACCAACAGTACATTTGCCGGAGAGATGTGGTAGACAGAGGGTGGGGCAATGGCTGTGGCTTGTTTGGAAAAGGAGGAGTTGTGACATGTGCGAAGTTTTCATGTTCGGGGAAGATAACAGGCAATTTGGTCCAAATTGAGAACCTTGAATACACAGTGGTTGTAACAGTCCACAATGGAGACACCCATGCAGTAGGAAATGACACATCCAATCATGGAGTTACAGCCATGATAACTCCCAGGTCACCATCGGTGGAAGTCAAATTGCCGGACTATGGAGAACTAACACTCGATTGTGAACCCAGGTCTGGAATTGACTTTAATGAGATGATTCTGATGAAAATGAAAAAGAAAACATGGCTCGTGCATAAGCAATGGTTTTTGGATCTGCCTCTTCCATGGACAGCAGGAGCAGACACATCAGAGGTTCACTGGAATTACAAAGAGAGAATGGTGACATTTAAGGTTCCTCATGCCAAGAGACAGGATGTGACAGTGCTGGGATCTCAGGAAGGAGCCATGCATTCTGCCCTCGCTGGAGCCACAGAAGTGGACTCCGGTGATGGAAATCACATGTTTGCAGGACATCTCAAGTGCAAAGTCCGTATGGAGAAATTGAGAATCAAGGGAATGTCATACACGATGTGTTCAGGAAAGTTTTCAATTGACAAAGAGATGGCAGAAACACAGCATGGGACAACAGTGGTGAAAGTCAAGTATGAAGGTGCTGGAGCTCCGTGTAAAGTCCCCATAGAGATAAGAGATGTAAACAAGGAAAAAGTGGTTGGGCGTATCATCTCATCCACCCCTTTGGCTGAGAATACCAACAGTGTAACCAACATAGAATTAGAACCCCCCTTTGGGGACAGCTACATAGTGATAGGTGTTGGAAACAGCGCATTAACACTCCATTGGTTCAGGAAAGGGAGTTCCATTGGCAAGATGTTTGAGTCCACATACAGAGGTGCAAAACGAATGGCCATTCTAGGTGAAACAGCTTGGGATTTTGGTTCCGTTGGTGGACTGTTCACATCATTGGGAAAGGCTGTGCACCAGGTTTTTGGAAGTGTGTATACAACCATGTTTGGAGGAGTCTCATGGATGATTAGAATCCTAATTGGGTTCTTAGTGTTGTGGATTGGCACGAACTCAAGGAACACTTCAATGGCTATGACGTGCATAGCTGTTGGAGGAATCACTCTGTTTCTGGGCTTCACAGTTCAAGCA",
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